Il s’agit souvent de phénomènes naturels.

Quand il pleut, l’eau de pluie ruisselle sur les sols et emporte avec elle de petites particules (terre, sable, débris…). Cela rend l’eau plus trouble, donc moins transparente.

Parfois de la mousse peut être observée à la surface de l'eau. Lors des tempêtes ou des fortes houles, l’eau est fortement agitée et peut faire mousser la matière organique naturellement présente dans le milieu marin (algues décomposées, phytoplancton, végétaux, etc.).

La mousse peut être perçue comme résultant d’une pollution liée à des tensioactifs synthétiques présents dans certains détergents domestiques et qui seraient rejetés par les stations d’épuration. Pourtant, une étude menée par l’Université de Pau et des Pays de l'Adour sur le littoral basque (Étude sur les tensioactifs présents dans les effluents de STEP et les eaux littorales et la formation de mousses sur la zone du BAB) indique que les mousses observées lors des tempêtes sont principalement liées à des tensioactifs d’origine naturelle et non à des rejets importants issus des stations d’épuration.

D'autres phénomènes visibles peuvent aussi être confondus avec ces mousses naturelles. Le liga, par exemple, se présente sous la forme d'une matière visqueuse brunâtre. Les proliférations d'Ostreopsis, une microalgue, se manifestent plutôt par des dépôts brunâtres sur les rochers ou par des amas gélatineux. Il s'agit de phénomènes différents, qui ne correspondent pas aux mousses habituellement observées après les tempêtes.

Ainsi, une eau trouble ou mousseuse n’est pas forcément le signe d’une pollution ou d’une mauvaise qualité de l’eau de baignade.

Là encore, il s’agit le plus souvent de phénomènes naturels ou liés aux conditions météo ou crues des cours d’eau..

Après de fortes pluies, les rivières et l’eau de ruissellement emportent vers la mer ou les lacs des éléments présents sur les sols : branches, feuilles, déchets, etc. Ces débris peuvent ensuite être visibles à la surface.

Les algues, quant à elles, se développent naturellement dans l’eau. Leur présence varie selon plusieurs facteurs, comme la température, la lumière ou les apports en nutriments après la pluie. Selon la houle et les courants, une partie de ces algues, mêlées à d’autres éléments naturels (coquillages, bois flotté, végétaux…), peut ensuite être déposée sur le sable, c’est ce qu’on appelle la laisse de mer. Naturelle, elle joue un rôle important pour la biodiversité en servant d’abri et de nourriture à de nombreuses espèces.

Même si ces éléments peuvent donner une impression d’eau “sale”, cela ne signifie pas forcément que la qualité de l’eau de baignade est mauvaise.

En revanche, certaines situations peuvent poser problème lorsqu’un dérèglement du milieu favorise une prolifération excessive d’algues ou le développement d’espèces particulières. C’est par exemple le cas des marées d’algues vertes observées en Bretagne, ou de certaines microalgues toxiques comme ostreopsis au Pays Basque. 

Les déchets plastiques visibles dans les zones de baignade peuvent aussi être transportés par les rivières et le ruissellement après de fortes pluies. Mais contrairement aux algues, ils ne sont pas naturels, ils proviennent des activités humaines, notamment des déchets abandonnés dans l’environnement et des décharges sauvages.

Cela peut sembler contradictoire, mais tout dépend de ce que l’on mesure et à quel moment.

 Il faut distinguer deux choses : 

• le classement réglementaire à long terme et le risque ponctuel du jour ; 
• l’évaluation environnementale globale et l’évaluation sanitaire des eaux de baignade.

1. Long terme vs instant T 

Une même eau peut être évaluée différemment selon que l’on regarde une tendance sur plusieurs années ou un instant précis.

• Un suivi réglementaire est assuré par l’Agence régionale de santé (ARS) de Nouvelle-Aquitaine pour le compte de l’État. Il comprend entre 10 et 20 prélèvements par site réalisés entre mai et septembre. Ces données permettent d’établir un classement “structurel” de la qualité de l’eau sur plusieurs années, selon 4 niveaux : insuffisant, moyen, bon ou excellent. 

En 2025, au Pays Basque, sur les 34 zones de baignade du littoral, 28 sont classées excellentes et 6 bonnes. 

• À côté de cela, un suivi de gestion quotidienne est également assuré par la Communauté d’Agglomération Pays Basque avec plus de 3 000 analyses complémentaires chaque saison. Il donne une information à un instant donné sur le risque de pollution, en croisant les analyses avec la météo, la houle, le vent ou les systèmes d’assainissement. Il permet d’aider les maires à décider, en quasi temps réel, de la fermeture de la baignade.

Le premier dit la qualité globale dans le temps, le second le risque du moment. Une plage peut donc être globalement “excellente” et pourtant fermée temporairement après de fortes pluies ou en cas de pollution ponctuelle.

2. Environnemental vs sanitaire

La qualité de l’eau peut aussi varier selon les critères observés.

• L’approche environnementale s’intéresse à l’état global des rivières, des lacs et des milieux aquatiques. Elle prend en compte de nombreux paramètres biologiques, chimiques et physiques. C’est le cadre défini par la Directive-cadre sur l’eau (DCE). Ces données permettent entre autres d’établir un classement des masses d’eau selon leur état écologique selon 6 niveaux : État inconnu, Mauvais état, État médiocre, État moyen, Bon état, Très bon état. En 2025, la masse d’eau côtière Côte basque est en état écologique moyen.
• L’approche sanitaire, utilisée pour les eaux de baignade, vise à protéger la santé des baigneurs. Elle repose sur la mesure de deux bactéries indicatrices d’une contamination fécale animale ou humaine : Escherichia coli et les entérocoques. Elle est encadrée par la Directive européenne sur les eaux de baignade (EDB).

Ces deux approches ne mesurent donc pas la même chose.

Par exemple, une eau peut être conforme pour la baignade tout en étant moins bonne sur le plan écologique ou chimique selon d’autres indicateurs.

Les plages peuvent être fermées temporairement lorsqu’il existe un risque pour la santé des baigneurs, par exemple après de fortes pluies ou en cas de pollution ponctuelle, ou lorsque les conditions de baignade deviennent dangereuses (courants, fortes houles, tempêtes).

Pendant longtemps, les plages fermaient peu, même lorsque la qualité de l’eau n’était pas optimale. Depuis une dizaine d’années, la pratique a évolué : les contrôles se sont renforcés et des fermetures préventives sont désormais décidées plus facilement pour protéger les usagers. Ces évolutions s’inscrivent dans le cadre de la réglementation européenne sur les eaux de baignade (Directive de 2006), qui impose de mieux surveiller la qualité de l’eau d’un point de vue bactériologique, de gérer les risques et d’informer le public.

Au Pays Basque, les 34 zones de bain surveillées sur le littoral basque font l’objet d’un suivi par la Communauté d'Agglomération Pays Basque de mai à septembre et toute l’année pour celles de Biarritz et d’Anglet. Ce dispositif croise les analyses de l’eau avec des modèles numériques basés sur les conditions météo, hydrologiques, de houle, de vent et l’état du fonctionnement des systèmes d’assainissement. Il permet d’évaluer les risques de pollution et d’aider les maires à décider, en quasi temps réel, d’une fermeture de baignade.

Les épisodes de fortes précipitations et les potentiels débordements ponctuels  jouent un rôle important. Ils entraînent des bactéries présentes dans les sols et les eaux usées vers les rivières, puis vers la mer.

Par exemple, au Pays Basque en 2024, année très pluvieuse, on a observé en moyenne une dizaine de jours de fermeture par plage entre mai et septembre. À l’inverse, pendant l’été 2025, plus sec, il y a eu peu de fermetures (environ 4 jours en moyenne par plage), avec des plages ouvertes 97 % du temps.

Résultat : plus on surveille et plus on anticipe les risques, plus les fermetures peuvent être fréquentes et visibles. Cela ne signifie pas forcément que la qualité de l’eau se dégrade, mais que les risques sont mieux anticipés et gérés.

L’information sur la qualité de l’eau est aujourd’hui beaucoup plus visible qu'auparavant.

Depuis plusieurs années, les plages sont mieux surveillées et les résultats sont davantage communiqués au public, que ce soit sur place (panneaux, drapeaux) ou en ligne (sites internet, réseaux sociaux, application Kalilo, médias locaux).

Le drapeau violet, qui signale une interdiction temporaire de la baignade pour des raisons sanitaires, fait partie de ces dispositifs d’information. Utilisé par certaines communes dès 2017, il est adopté par l’ensemble des communes du Pays Basque depuis 2019. Son usage a ensuite été officiellement encadré au niveau national en 2022.

Pour faciliter l’accès à l’information, la Communauté d’Agglomération Pays Basque a également lancé en 2019 l’application Kalilo qui indique les conditions de baignade et la qualité de l’eau en temps réel. 

Résultat : les alertes sont plus visibles et mieux diffusées.
Cela peut donner l’impression qu’il y a plus de problèmes qu’avant, alors qu’en réalité, ils sont surtout mieux détectés et signalés.

Lorsqu’un médecin déconseille la baignade en cas de plaie, il applique avant tout un principe de précaution. Son rôle est à la fois de soigner et de prévenir les risques.

Une plaie est une porte d’entrée pour les infections. Or, les milieux naturels (mer, rivière, lac) ne sont jamais stériles, même lorsque la qualité de l’eau est considérée comme bonne. Les bactéries sont naturellement présentes dans l’environnement et jouent un rôle essentiel dans les équilibres écologiques.

Le risque d’infection n’est donc pas uniquement lié à une “mauvaise qualité” de l’eau, mais aussi à la vulnérabilité de la personne et à la présence normale de micro-organismes dans l’environnement.

Il est important de distinguer deux choses :

• le risque individuel, lié à une situation personnelle (comme une plaie)
• la qualité sanitaire de l’eau, évaluée selon des critères précis

Ces deux dimensions sont différentes, mais souvent confondues.

Le conseil du médecin est donc une mesure de prudence individuelle et non un indicateur de pollution de l’eau à un endroit donné.

Les eaux susceptibles d'influencer la qualité des eaux de baignade proviennent principalement de deux sources : les eaux usées, issues notamment des toilettes, des douches, des cuisines et des activités domestiques, et les eaux pluviales qui ruissellent sur les toitures, les routes ou les surfaces imperméabilisées.

L'assainissement désigne l'ensemble des dispositifs permettant de collecter, transporter et traiter les eaux avant leur retour dans le milieu naturel. Son bon fonctionnement constitue un enjeu majeur pour la qualité des rivières, du littoral et des eaux de baignade, en limitant les rejets polluants et les débordements lors des épisodes de fortes pluies.

L'assainissement est encadré par la directive européenne relative au traitement des eaux résiduaires urbaines, révisée en décembre 2024. 

Selon les territoires, les eaux usées et pluviales peuvent être gérées par assainissement collectif, réseau unitaire ou séparatif (qui distinguent eaux usées et pluviales), ou par des systèmes autonomes (fosses septiques).

Les eaux usées sont collectées par les réseaux d'assainissement puis acheminées vers des stations d'épuration. Elles y subissent différents traitements biologiques et physico-chimiques destinés à éliminer les polluants avant leur rejet dans le milieu naturel. Au Pays Basque, ce service est assuré par la Communauté d'Agglomération Pays Basque (CAPB), responsable de la gestion des réseaux et des stations d'épuration.

Dans les réseaux unitaires, afin de pallier une possible surcharge du réseau lors de fortes précipitations, qui provoquerait un débordement vers les rivières et les zones côtières, des ouvrages de stockage spécifiques sont mis en place et permettent d’amener ces eaux à la station d’épuration.

Depuis plusieurs années la CAPB mène un programme de modernisation de ses infrastructures d'assainissement à hauteur de 40 millions par an afin de limiter les risques de dégradation de la qualité du milieu lié à la surcharge des réseaux et d'améliorer la performance du traitement grâce à des technologies en constante évolution.

Parmi les principaux projets récemment réalisés ou en cours figurent :

• la construction, en 2024, de deux bassins de stockage des eaux usées à Biarritz pour recueillir les excédents d'eau lors des fortes pluies et éviter la saturation des ouvrages d'assainissement ;
• la mise en service de la nouvelle station d'épuration de Bidart en 2025, conçue pour traiter les eaux usées de Bidart, Ahetze et Arbonne grâce à une capacité accrue et à des performances de traitement renforcées ;
• la construction de la nouvelle station d'épuration de Saint-Pée-sur-Nivelle en 2025, permettant d'améliorer la qualité des rejets vers la Nivelle ;
• la construction de la future  station d’épuration de Saint-Jean-de-Luz, dont la mise en service est prévue début 2028. Le projet permettra d'augmenter la capacité de traitement et de réduire les rejets d'eaux non traitées lors des épisodes pluvieux grâce à la création d'un bassin de stockage et à l'adaptation des réseaux.

Au Pays Basque, près d'un quart des foyers dispose d'un système d'assainissement autonome. Ces équipements doivent être entretenus et leur conformité est régulièrement contrôlée par les services de la CAPB.</span

À partir de 2019, la Commission européenne annonce son intention de réévaluer la Directive concernant la gestion de la qualité des eaux de baignade adoptée en 2006. Plusieurs initiatives ont alors été lancées pour faire évoluer standards européens de suivi de la qualité des eaux de baignade.

Au niveau institutionnel, la Commission lance une série de consultations publiques et ciblées à partir de 2021. Surfrider Foundation Europe prend part à ces différents temps forts et publie en 2021 son Manifeste pour des eaux saines, dans lequel l’ONG environnementale partage ses recommandations clés pour une révision efficace et ambitieuse de la Directive. En effet, Surfrider estime que ce texte ne reflète plus pleinement les enjeux actuels liés à la qualité des eaux. En près de vingt ans, les connaissances scientifiques ont progressé et de nouvelles préoccupations ont émergé concernant les pollutions chimiques, les cyanobactéries, les microplastiques, ou les virus. L'organisation plaide notamment pour un élargissement des paramètres de surveillance, aujourd'hui limités aux indicateurs bactériologiques Escherichia coli et entérocoques, afin de mieux prendre en compte l'ensemble des risques sanitaires et environnementaux.

En 2025, la Commission publie finalement son rapport d’évaluation de la Directive. Celui-ci conclut que le texte a été globalement efficace dans sa contribution à la protection de la santé des baigneurs au sein de l'Union européenne. L'évaluation identifie néanmoins plusieurs écueils persistants notamment concernant l'intégration de paramètres supplémentaires qui pourrait permettre de mieux répondre aux principales pressions qui affectent les eaux de baignade et d'améliorer encore la protection de la santé. L’information du public pourrait être améliorée et harmonisée, tandis que la surveillance devrait mieux refléter les habitudes de baignade, tant sur le plan géographique que saisonnier. Malgré l'identification de ces marges de progrès, la Commission décide finalement de ne pas poursuivre de révision, estimant qu’une réouverture complète du texte ne serait pas l’outil le plus adapté et que d’autres recours peuvent être mobilisés.

À ce jour, aucune suite concrète n'a été annoncée par la Commission européenne.

À la suite de cette décision, Surfrider Foundation Europe a exprimé sa déception et son incompréhension. L'organisation estime en effet que les enjeux émergents de santé publique et de protection de l'environnement justifient une prise en compte plus large des différentes formes de pollution affectant les milieux aquatiques. Réaffirmant malgré tout sa volonté de maintenir le dialogue avec les institutions et poursuivre ses actions de plaidoyer, de sensibilisation et de mobilisation en faveur d'une évolution du cadre européen de surveillance des eaux de baignade, elle publie une nouvelle note d'orientation en novembre 2025. Cette note formule des recommandations opérationnelles pour renforcer la mise en œuvre de la directive et améliorer la protection des usagers.

En 2026, le Groupe européen d'experts en microbiologie (EMEG) a déposé une contribution auprès de la Commission européenne, dans laquelle il estime que les paramètres et méthodes de surveillance prévus par la Directive sur les eaux de baignade sont devenus obsolètes et ne reflètent plus pleinement les connaissances scientifiques ni les risques émergents pour la santé publique. Le groupe plaide ainsi pour une révision de la directive.

Aujourd'hui, d'autres organisations de la société civile continuent de souhaiter voir la directive évoluer. Par exemple, l'association Eau et Rivières de Bretagne propose un classement des eaux de baignade qui diffère de la méthodologie officielle définie par la directive européenne que la France est tenue de respecter. Sa particularité est de prendre en compte l'ensemble des résultats d'analyses centralisés par les Agences Régionales de Santé (ARS), y compris les prélèvements exclus du classement officiel. En effet, si le résultat d’un prélèvement est qualifié de « mauvais » et que la personne responsable de l'eau de baignade a mis en place une fermeture préventive, l'ARS peut écarter ce résultat du classement officiel s'il est considéré comme correspondant à un épisode de pollution de courte durée. Cette possibilité est toutefois encadrée : elle est limitée à un prélèvement par saison balnéaire ou à 15 % du nombre total de prélèvements pris en compte pour le classement établi sur 4 ans.

Le développement des connaissances scientifiques constitue un levier essentiel pour anticiper les risques émergents susceptibles d'affecter les eaux de baignade. Plusieurs programmes de recherche sont actuellement menés au Pays Basque. 

Le projet transfrontalier OSTREOBILA (2024-2026), coordonné par le Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) Littoral Basque, vise à mieux comprendre les conditions de prolifération de la microalgue Ostreopsis, ses impacts sur la santé humaine et les écosystèmes, ainsi qu'à développer des outils d'aide à la décision pour les gestionnaires du littoral. Depuis son apparition sur la côte basque en 2020, cette microalgue a conduit à plusieurs épisodes de fermeture de plages en raison de risques sanitaires potentiels.

En 2024, la Communauté d'Agglomération Pays Basque a engagé, avec l'IFREMER, l'Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA) et en concertation avec l'ARS, des travaux de recherche sur la présence de retardateurs de flamme dans le bassin de la Nivelle afin de mieux comprendre l'origine de ces micropolluants émergents et leur devenir dans l'environnement.

Depuis 2023, le phénomène du liga, mucilage marin observé de manière récurrente sur la côte basque, fait également l’objet de travaux scientifiques et de modélisation menés notamment par des équipes de l’UPPA. 

Les associations comme Surfrider Foundation Europe contribuent également au renforcement des connaissances sur les milieux littoraux à travers des dispositifs de collecte de données et de sciences participatives.  Avec notamment le programme Retrace!, les citoyens, associations et établissements scolaires peuvent participer à des opérations de ramassage et de caractérisation des déchets via une plateforme dédiée, contribuant à documenter leur évolution dans le temps.

Enfin, l’IFREMER, l’institut français de recherche entièrement dédié à la connaissance de l’océan, a également mis en place un projet de sciences participatives exploratoire, Phenomer qui invite les citoyens à signaler des phénomènes d'eaux colorées dus aux proliférations de microalgues grâce à une application.